آموزش نحوه جستجو و کار در سایت NCBI (پاورپوینت)

مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری ( National Center for Biotechnology Information) معروف به NCBI، تاسیس ۱۹۸۸ بدستورسنای آمریکا  یکی از مراکز و شاخه‌های کتابخانه ملی پزشکی آمریکا است.

در این مرکز ابزار و پایگاه داده هایی نظیر آنتره، بلاست، پاپ مد و ژن بانک اداره می‌شود.

این مرکز در مریلند قرار دارد.

به نوشتهٔ هومن رشیدی، از وظایف مرکز ان سی بی آی میتوان موارد زیر را نام برد : 

• ایجاد ساختار برای تحلیل و ذخیره‌سازی داده‌های تحقیقات ژنتیک و بیوشیمی، زیست شناسی مولکولی.
• ترویج و شیوع استفاده از این دیتابیس‌ها در میان جامعه محققین
• هماهنگ‌سازی اصلاعات با دیگر مراکز مشابه جهانی
• پیشبرد پژوهش در تحلیل‌های رایانه‌ای روابط کارکردی-ساختاری مولکول‌های کلیدی 

پاورپوینت آموزشی زیر ، به صورت تصویری و کامل نحوه جستجو و استفاده های ممکن از این سایت جامع را بررسی می کند.

این فایل توسط جناب آقای دکتر عزیزی نژاد ( استاد بیوانفورماتیک)  تهیه شده است ، با تشکر از ایشان برای ارسال این مطلب ارزشمند.

دانلود پاورپوینت اموزشی NCBI

پاورپوینت ( مرگ برنامه ریزی شده سلول)

programmed  death cell (PDC)  ; APOPTOSIS

آپوپتوزیز یکی از انواع  مرگ برنامه ریزی شده سلول است که به خود کشی سلولی هم معروف است ، ( البته اغلب در منابع این دو را مترادف هم در نظر می گیرند.)

پدیده ای فیزیولوژیک و طبیعی  است  با هدف حذف سلول های پیر ، آسیب دیده یا بیمار و... که جهت تکامل و حفظ هموستازی  هم در جانوران و هم در گیاهان رخ می دهد.

در این پاورپوینت مفاهیم و تعریف ، مکانیزم عمل (سیگنالینگ) و القا مرگ سلول، تفاوت ها ی این پدیده در جانوران و گیاهان ، و مرور چند مقاله مرتبط با اثر عصاره های گیاهی بر القا یا ممانعت از پدیده آپوپتوزیز جمع آوری شده.

apoptosis PPT

جلوه ای از کاربرد گرایش های مختلف بیوتکنولوژی با یک هدف مشترک

هزاران سال است که انسان از گیاهان به عنوان غذا، دارو و منبع مواد اولیه لازم برای زندگی خود استفاده می کند. شواهد به دست آمده از اولین مراحل شهر نشینی حاکی از آن است که عصاره گیاهان مختلف جهت تولید دارو جهت تخفیف درد و درمان بیماری ها به کار گرفته می شده است.

در اواخر دهه 1970 میلادی، بسیاری از پروتئین های درمانی و تشخیصی به واسطه تحقیقات زیست شناسی و پزشکی مولکولی کشف شده بودند ولی استفاده عمومی از این مولکول ها به دلایل مختلف مثل راندمان پایین تولید و کیفیت پایین محصولات امکان پذیر نبود. در اواخر دهه 1980 میلادی، استفاده از تکنولوژی DNA و پروتئین نوترکیب در سیستم های بیانی گیاهی برای تولید ارزانتر و بی خطرتر پروتئین های دارویی مورد توجه قرار گرفت و اولین پروتئین نوترکیب یعنی هورمون رشد انسانی برای بیان در گیاه (توتون و آفتابگردان) در سال 1986 انتخاب شد. اولین آنتی بادی تولید شده در سیستم گیاهی نیز در توتون و در سال 1989 گزارش شد. در پی آن اولین محصول تجاری حاصل از کشاورزی مولکولی، آویدین (Avidin) بود که در سال 1997 در ذرت ترایخته بیان شد.

در دهه بعد، گیاهان به عنوان جایگزینی ساده، ایمن و اقتصادی برای سیستم های تولید پروتئین میکروبی یا جانوری مطرح شدند و تولید داروهای گیاهی و پروتئین های نوترکیب در گیاهان کشاورزی مولکولی (Molecular Farming) نام گرفت؛ عبارتی به مفهوم بهره برداری از ظرفیت کشاورزی برای تولید محصولات مختلف دارویی و تشخیصی، آنزیم های صنعتی و مواد مختلف شیمیایی در گیاهان و سلول های گیاهی که شامل مراحل مختلف کشت، برداشت، نگهداری و فرآیندهای مختلف تولید پایین دست مثل استخراج و تخلیص پروتئین می شود.

کشاورزی مولکولی از لحاظ نظری ظرفیت تولید نامحدود آنتی بادی ها، واکسن ها، پروتئین های خونی، فاکتورهای رشد و سایر آنزیم ها و پروتئین های نوترکیب مورد استفاده در تشخیص و درمان صنایع مرتبط با سلامت، صنایع شیمیایی و سایر صنایع وابسته به علوم زیستی مانند صنایع غذایی را دارا است. به نظر می آید گیاهان به عنوان یک سامانه (platform) مناسب برای تولید پروتئین های نوترکیب در مقیاس بالا پذیرفته شده اند. از لحاظ تکنیکی نیز گیاهان توانایی تولید پروتئین های دارویی پیچیده با عملکرد مورد انتظار (functional proteins) مثل پروتئین های سرم انسانی، تنظیم کننده های رشد، انواع آنتی بادی، واکسن ها، هورمون ها، سیتو کین ها و آنزیم های مختلف را دارند. این توانایی به خاطر تغییرات پس از ترجمه مناسب در گیاهان است که باعث شکل گیری صحیح و در پی آن ساختار و عملکرد درست پروتئین نوترکیب می شود.

با توجه به تقاضای بالای بازار برای پروتئین های تشخیصی و درمانی و عدم وجود ظرفیت های لازم برای تامین این تقاضای رو به رشد با امکانات فعلی و همچنین ظهور و معرفی انواع پروتئین های نوترکیب به عنوان خروجی پروژه های مختلف در حال اجرای فعلی، به نظر می آید در سال های آینده، استفاده از گیاهان به عنوان بیورآکتورهای زیستی برای تولید نیاز بازار ضروری باشد.

به هر حال، تولید پروتئین های دارویی در گیاهان تنها زمانی تحقق خواهد یافت که این محصولات بالاترین استانداردهای کیفی را داشته تا بتوانند در آزمایش های کلینیکی تاییدیه های لازم نظام های نظارتی برای استفاده های درمانی را کسب کنند. دستیابی به این هدف مشروط به توسعه و پیشرفت تکنیک های افزایش عملکرد و اطمینان از پایداری و کیفیت محصول در مراحل مختلف استخراج و تولید مطابق با استاندارهای GMP (Good Manufacturing Practice) است. علاوه بر این چالش های دیگری مثل ملاحظات زیست محیطی، ایمنی زیستی و ارزیابی خطر احتمالی گیاهان تراریخته که در این فرآیند رهاسازی می شوند و ایمنی محصولات حاصل از آنها نیز وجود دارد.

نوشته: دکتر کسری اصفهانی

جداسازی و شناسایی مولکولی باسیلوس های تولید کننده آنزیم ضد سرطان ال‑آسپاراژیناز خارج سلولی از خاک

چکیده

سابقه و هدف: آنزیم آسپاراژیناز نقش مهمی در درمان لوسمی لنفوبلاستی حاد ایفا م یکند. این آنزیم به دلیل دارا بودن خاصیت

آنتی نئوپلاستیک، در فرایند شیم یدرمانی حائز اهمیت می باشد. هدف این تحقیق، جستجو و معرفی آنزیم های ال‑آسپاراژیناز خارج

سلولی تولید شده توسط جنس باسیلوس می باشد که بطور بالقوه می توانند خصوصیات سرولوژیک مطلوب تر و عوارض جانبی کمتری

نسبت به انواع تجاری رایج داشته باشند.

مواد و روش ها: گونه های باسیلوس جدا شده از خاک های غنی از پروتئین، در محیط کشت M9 تغییر یافته کشت داده شدند.

کلنی های تولید کننده ی آنزیم مورد نظر، بر اساس تغییر رنگ محیط متمایز گردیدند. سپس آنزیم تولید شده، خالص سازی گشته و

میزان فعالیت آن مورد بررسی قرار گرفت. همچنین وزن مولکولی آنزیم انداز هگیری شد. با سیلو سهای تولید کننده آنزیمِ دارای فعالیت

مطلوب، با روش مولکولی مورد شناسایی قرار گرفتند.

یافته ها: سویه های جدید باسیلوس تولید کننده آنزیم ال-آسپاراژیناز شناسایی گشته و خصوصیات کلی آنزیم های استخراجی مطالعه

گردید.

نتیجه گیری: از آنجا که ال- آسپاراژیناز جدا شده از باکتری های مختلف دارای اثرات ضد سرطانی متفاوتی بوده است، جستجو برای

یافتن میکروارگانیسم های تولید کننده این آنزیم، یکی از را ههای اصلی جهت دستیابی به آنزیمی با خصوصیات درمانی ایده آل می باشد.

کلمات کلیدی: L-asparaginase ، باسیلوس، سرطان، لوسمی

نویسندگان: علی ناظمی، سعید غلامیان، میر ساعد میری نرگسی

کی میخواد مهندس ژنتیک باشه؟؟

سلام به همگی

لینک زیر یه تمرین و سرگرمی جالبه برای انجام  دو تا پروژه مهندسی ژنتیک

شما می تونید تو این سایت سیبی تولید کنید که داراری ژن طعم دهنده  دارچینه! Cinna-Apple

و یا پروژه معروف انتقال ژن BT به ذرت و تولید ذرت مقاوم به کرم ساقه خوار رو انجام بدید...

باید از بین تصاویر، تصاویر درست رو به ترتیب مراحل  انتخاب کنید ( باید تصویر رو روی مرحله انتخابی قرار دهید)

پیشنهاد می کنم امتحان کنید .... خیلی جالبه

who wants to be a genetic engineer

توليد موش هاي نري با دو كروموزم XX

دانشمندان استراليايي موفق شدند موش هاي آزمايشگاهي نري بوجود آورند كه فاقد كروموزم Y بوده و در عوض دو كروموزم X دارند.

به گزارش خبرگزاري مهر، گروهي از دانشمندان دانشگاه آدلايد در استراليا با دستكاري تنها يك ژن حاضر در كروموزم X ، موش هاي نري ايجاد كردند كه كروموزم Y ندارند.

بطور طبيعي موجودات نر داراي يك كروموزم Y و يك كروموزم X هستند درحالي كه جانوران ماده دو كروموزم X دارند.

اما اكنون اين تيم تحقيقاتي به سرپرستي ادوينا ساتون موفق شدند با فعال كردن يك ژن منفرد در گنادهاي جنيني درحال توسعه، موش هاي نري توليد كنند كه داراي دو كروموزم X هستند.

براساس گزارش ABC Online، ژن Sox3 كه در كروموزم X حاضر است بطور طبيعي در توسعه مغز مورد استفاده قرار مي گيرد. اما اين اولين بار است كه دانشمندان موفق شدند از اين ژن براي توسعه جنسيت نيز استفاده كنند.

درحقيقت اين محققان توانستند با فعال كردن اين ژن در گنادهاي موش هاي داراي دو كروموزم X در فاز اصلي توسعه آنها مانع توليد موش ماده شوند و درعوض موشي با ويژگي هاي يك جانور نر بوجود آورند.

اين دانشمندان در حال بررسي نقش ژن Sox3 در توسعه مغزي موفق به نقش اين ژن در فرايندهاي تعيين جنسيت جنين شدند.

اين تيم تحقيقاتي موفق شد با دستكاري اين ژن 80 درصد از موش هاي نري با كروموزم XX توليد كنند.

نشانگر EST

ردیف تظاهر یافته برچسب دار یا EST

عدم دسترسی به کاوشگرها یا همسانه ها سبب محدود شدن استفاده از نشانگرهای RFLPمی شود . از این رو امروزه جایگاه های ژنی RFLPبه STS یا ESTتبدیل می شوند. STSردیف های ترجمه شده یا ترجمه نشده را نشان می دهند در صورتی EST ردیفی از یک همسانه cDNAرا نشان می دهد که با یک مولکول mRNAیا قسمتی از آن مطابقت دارد. از ESTهای با طول 150-500جفت باز برای بررسی تشابه و همچنین نقشه یابی استفاده می شود . در حقیقت می توان از mRNAهای ایجاد شده در بافت های مختلف و در شرایط گوناگون cDNAهایی را ایجاد کرد و سپس  برخی از این cDNAها را ردیف یابی نمود که البته بیشتر ردیف یابی انتهای'3 یا 5' همسانه های cDNAصورت می گیرد که ESTنامیده می شود. به عبارت دیگر ESTردیف های DNA انتهای 3'یا 5'همسانه های cDNA  ای هستند که اغلب به طور تصادفی یا بر اساس غربال کردن همسانه های خاص از یک کتابخانه cDNAانتخاب می شوند. بنابراین هر cDNAدو ESTمی تواند داشته باشد ,یکی مطابق با انتهای 3'و دیگری مطابق با انتهای 5'آن cDNAاما در بیشتر مواقع ناحیه بین دو ESTناشناخته است.

EST ها در بیشتر پروژه های ژنوم موفقیت آمیز بوده اند. در حقیقت ردیف های ESTدست کم بخشی از ردیف های بیشتر mRNAهای موجود در بافتهای مختلف را که برای تهیه کتابخانه cDNAاستفاده شده اند را دارند.بنابراین از EST ها به وفور به عنوان منبع اطلاعات برای کشف ژنهای جدیدی که عمل آنها به طور تجربی از ردیف آنها نتیجه گرفته می شود استفاده می شود. مسلما ژن هایی که در بافت خاص یا مرحله خاصی از رشد تظاهر می یابند و در نتیجه در تهیه cDNAاستفاده نشده باشنددر داده های ESTوجود نخواهد داشت .

ESTها می توانند با ردیف های موجود در بانک های اطلاعاتی اسید نوکلئیک و یا بانک های اطلاعاتی ردیف پروتئینی (PIR) مطابقت داشته باشند و به کمک این بانک های اطلاعاتی و برنامه های رایانه ای می توان آنها را به ژن های خاصی نسبت داد . مهم تر از این , اگر یک بانک اطلاعاتی را با ردیف مورد نظر جست و جو و یک ESTرا شناسایی کنید , به این مفهوم است که یک همسانه  cDNAاز ژن های هدف شما در دسترس است .

هم اکنون بانک های اطلاعاتی ESTدولتی و خصوصی زیادی برای تعداد زیادی از موجودات بویژه انسان و برخی از گیاهان مانند گندم و ذرت وسویا در حال فعالیت اند . امروزه بانک های اطلاعاتی ESTبه عنوان منبع غنی به منظور شناسایی ژن ها و مقایسه ردیف های بین گونه ها استفاده می شوند. همچنین از ESTها می توان به عنوان نشانگرها در نقشه های ژنتیکی و فیزیکی و بررسی تظاهر ژن استفاده کرد.همچنین از داده های مربوط به ردیف ESTهای ها می توان برای همسانه سازی سریع ژن هدف به وسیله RT-PCR,cDNA-PCRیا پی سی آر ژنومی استفاده کرد. این مورد از طریق طراحی یک آغازگر الیگونوکلئوتیدی مکمل قسمتی از ردیف ESTامکان پذیر است. اگر هر دو نوع ESTانتهای 3'یا 5'همسانه cDNAدر اختیار باشد ,دو آغازگر قابل طراحی خواهند بود که برای تکثیر قسمت انتخاب شده ای از همسانه cDNA(مانند نواحی کد کننده پروتئین )مناسب اند.

کارکرد ژنوم که بیانگر مطالعه عمل ردیف های خاص ژنی و بررسی تظاهر آنها در موجود زنده است نیز با استفاده ریزآرایه های cDNAمربوط به ESTهای در دسترس تسهیل می شوند.

 

 

تنوع سوماکلونال

تنوع سوماکلونال را برای اولین بار Larkin وscowcraft در سال1981 مطرح کردند.

Evans  وهمکاران (1984 ) تنوع گامتوکلونال را برای کلون های بدست  آمده از سلول های گامتی یا گامتوفیتی به کار برد.

جنین زایی سوماتیک وتولید گیاهان بدین وسیله اهمیت زیادی دارد. ازجمله تکثیر سریع ودر مقیاس بالای گیاهان مخصوصآ گیاهانی که سرعت تکثیر پایینی دارند ، تکثیر دانه های مصنوعی برای گیاهانی که در حالت طبیعی بدون دانه وبا استفاده از پاجوش ها تکثیر می شوندویا گیاهانی که بذر های طبیعی گرانی دارند، انجام عملیات انتقال ژن ها به دانه های مصنوعی،ساختن هیبرید ها از گیاهان،انجام تحقیقات زیستی و...

در این تحقیق ها از روشهای متفاوتی استفاده شده مثلاٌ محیط کشت MS غنی شده با BAP  وIAA در چهار دوره زمانی بر شاخه زنی گیاه آناناس بدست آمده از کشت بافت .اثر اکسیژن در درصدهای 50 ،100 و150 واثر دمای 15، 20 و25 درجه، تناوب دمایی بین شب وروزیا DIF ومقدار نور بر بیوماس کالوس ناشی از کشت بافت.

اثر نور ، عامل ژله ای کننده وفلورایدزین بر جنین زایی سوماتیک در محیط کشت MS  نیمه جامد با استفاده از ویتامین های JEN  وقطعات مورد استفاده ریشه گیاه ساریکا پاپایا، استفاده از نورهای آبی ، قرمز، گرولوکس ،قرمز + آبی ، سفید وطیف گسترده در طی یک دوره ی چهار هفته ای

کشت برگک (capitulum) برگ ونوک شاخه ها در گیاه Gerbera وارزیابی توسط نشانگرهای ISSR .استفاده از روش cDNA-AFLP برای تعیین اختلاف در بروز ژنها در گیه طبیعی وسوماکلونال ناشی از گیاه فالائنوپسیس.

استفاده از لایه سوسپانسور نازک برای جنین زایی سوماتیک در گیاه آگاو تکولانا  وکولتیوارآزول که در این تحقیق از فیتاژل در غلظت های 6،8،10و12گرم در لیتر وسوکروز30،60وو120 گرم در لیتر استفاده شده است.

با افزایش تعداد روزها شاخه زنی در گیاه آناناس نیز افزایش پیدا کرده. در رابطه با مقدار بیوماس وقابلیت رشد سلول نیز مقدار بهینه بیوماس در شرایط ( 15% اکسیژن ،25 درجه دما، 1/11Mol/m²day  ومقدار DIF  عبارت از 10+ بود.

غلظت 3میلی گرم در لیتر نیتازول و3 میلی گرم در لیتر فلورایدزین نقش مهمی در جوانه زنی ورشد ریشه دارد.نور سفید، کشت جامد همراه با 3 میلی گرم درلیتر نیتازول و3میلیگرم در لیتر فلوریدزین ریشه های بلندتری تولید کرده است.

کلنی های بدست آمده از برگک ونوک شاخه ها هیج تغییر ژنتیکی را نشان ندادند اما برخی از کلنی های مشتق شده از برگ درجاتی از تغییر را نشان دادند.در رابطه با نتایج ناشی از cDNA-AFLP  نیز نتایج گویای تغییراتی در برخی از توالیها است این توالیها با توالیهای کد کننده کازئین کیناز ،ایزوسیترات دهیدروژناز ، سیتوکروم P₄₅ ، EMF₂ و...مطابقت دارند.

استفاده از لایه سوسپانسیونی نازک بیان کامل جنین ها را افزایش می دهد ضمناٌ هیپرپلاستی نیز اتفاق نمی افتد

آموزش جستجوی اینترنتی 1

سلام

از آنجاییکه دوستان همه این ترم سخت در گیر سرچ مقاله برای سمینارهای کلاسی هستند ... ما هم  

پیشنهاد خوبی از طرف یکی از همکلاسی های عزیز داشتیم که یکی دو پست آینده رو به آموزش سرچ اینترنتی اختصاص بدیم ..

امیدوارم مفید باشه

مطلب این هفته برگرفته از سایت ایران ویج است (http://www.iranvij.ir) و نکات ساده و مفیدی در رابطه با سرچ بیان می کند ، در پست های بعدی بیشتر در رابطه با سرچ مقالات علمی صحبت می کنیم.

سرچ کردن محتوای مورد نیاز در موتورهای جستجو از ابتدایی ترین کارهایی است که هر کسی که سر و کارش به اینترنت افتاده باشد با آن آشنایی دارد.

در میان بزرگ ترین و معروف ترین موتور جستجو، گوگل، سهم زیادی در سرچ روزانه مردم دنیا دارد. تا جایی که “گوگل کردن” به فعل تبدیل شده و معادل سرچ کردن در اینترنت به حساب می آید.

اما به راستی چقدر با ریزه کاری های سرچ کردن آشنایی داریم؟ مثلا خود شما چقدر طول می کشد تا با سرچ به محتوای مورد نظرتان برسید؟ اگر این زمان برای شما طولانی است با دانستن چند نکته کوچک می توانید  سرچ خود را بهبود دهید و زودتر به محتوای مورد نظرتان برسید.

پیشنهاد می کنم ادامه مطلب را بخوانید..............................

ادامه نوشته

پروتئین زیگما - اندوتوکسین

 

 

 

باکتری باسیلوس تورجنسیس مکانیسم دفاعی جالبی برای مقابله با حشرات دارد . این حشره طی اسپور زایی در فاصله بین سلول ها اندام های بلوری تشکیل می دهد که حاوی یک پروتئین حشره کش به نام زیگما-اندوتوکسین می باشد . پروتئین فعال شده برای حشره فوق العاده سمی و نسبتا اختصاصی است . نژادهای مختلف باکتری ها پروتئین هائی را می سازند که بر ضد لارو گروه های مختلف حشرات موثرند .

این پروتئین که در باکتری انباشته می شود یک پیش ماده غیر فعال است که پس از نیش زدن توسط حشره به وسیله پروتئیناز شکاف خورده و به حالت کوتاهتر که سمی است تبدیل می شود و به درون امعا حشره پیوند خورده و به سطح مخاط صدمه می زند و حشره دیگر قادر به تغذیه نبوده و در اثر گرسنگی می میرد.

از این ویزگی در تولید ذرت bt, برنج و پنبه و سیب زمینی و گوجه فرنگی و... استفاده شده است. میخواستم توضیحات بیشتری بدارم ولی به نطرم این تصویر گویای همه چیز هست

 

 

 

 

 

 

 

برگرفته از کتاب مقدمه ای بر همسانه سازی ژن نوشته تی .ای.براون

تلومر چیست؟!

سلام

در پست قبلی

(پیش‌بینی زمان مرگ طبیعی از لحظه تولد!)

مطلبی گذاشتم از ارتباط تلومرها و زمان مرگ طبیعی انسان ... همونطور که می دونید تلومر بخش انتهایی کروموزومه که با یک سری توالی مشخص و غیر کد کننده ( غیر قابل ترجمه) مثل یک سپر در انتهای کروموزوم وظیفه محافظت از کروموزوم رو بر عهده داره...

در مورد عملکرد تلومر این عکس خیلی خلاقانه و جالب به نظرم رسید .......

از سایت  http://knowyourtelomeres.com

Telomeres are the caps at the end of our chromosomes. They protect our DNA and when they get too short, cells may die

همونطور که انتهای چسبنده بندکفش وقتی از بین بره ، بند کم کم متلاشی می شه... دقیقا تلومر هم همینطور عمل می کنه ، طول این سپر محافظتی به مرور زمان کاهش پیدا می کنه و سلول دچار پیری و مرگ می شه.

در ادامه مطلب با تلومر بیشتر آشنا میشیم...................

ادامه نوشته

تنش ژنوتوکسیک

تمامی موجودات زنده برخورداز از قابلیت واکنش دینامیکی به تنشهای محیطی در نتیجه فعال سازی زنجیره های پیچیده پیام دهی می باشند. یکی از شدیدترین این تنشها اختلال در خود اطلاعات ژنتیکی می باشد. ژنوم موجودات زنده همیشه تحت تأثیر تنش ناشی از عوامل محیطی (نظیر اشعه ماوراء بنفش و مواد شیمیایی جهش زا) و نیز تولیدات فرآیندهای متابولیسم داخلی سلول (نظیر گونه های اکسیژن فعال و مضاعف شدن اشتباهی DNA) می باشد. بدنبال تاثیر تنش ژنوتوکسیک، زمان لازم برای بازسازی DNA در چرخه سلولی افزایش می یابد و ژنهای دخیل در بازسازی و حفاظت سایر ترکیبات سلولی مواجه با تنش ژنوتوکسیک، فعال میشوند. از سوی دیگر، سلولها، خصوصا سلولهای یوکاریوتهای پرسلولی، ممکن است بوسیله مکانیزم آپوپتوسیس به این تنش واکنش نشان دهند ودر نتیجه باعث کاهش صدمات سلولی گردند.

تحقیق در زمینه اثرات تنش ژنوتوکسیک و مکانیزم پیام دهی در پستانداران به سبب اثراتی که در سلامت انسان و ایجاد بیماریهایی مثل کارینوژنسیس دارد، از اهمیت ویژه ای برخوردار می باشد. ولی در گیاهان که سلولهای آنها بی تحرک و توسط دیواره های سلولی احاطه شده است، بافتهای توموری قادر به متاستازی نبوده و گیاه بواسطه سرطان از بین نمی رود. از طرف دیگر، اندامهای تولید مثلی گیاهان از سلولهایی منشاء میگیرند که خود قبل از تشکیل گامت در گیاه مادر، تعداد زیادی چرخه مضاعف سازی DNA را پشت سر گذاشته اند. این امر بویژه سبب میشود تا گیاهان به انباشت بالقوه جهشها در سلولهای مادر گامت، حساس باشند و در نهایت راه انتقال جهشهای سوماتیک به نسل بعدی فراهم میشود. گیاهان بر خلاف جانوران، موجودات بی تحرکی هستند که وابسته به تشعشع خورشیدی بعنوان منبع حیاتی انرژی بیولوژیکی بوده و بنابراین بطور مداوم در معرض موتاژنهای طبیعی از جمله اشعه ماوراء بنفش نوع B هستند. از اینرو تحمل به این عامل تنش زای غیر زنده برای حیات گیاهی با اهمیت می باشد. جبران و رفع خسارات وارده به DNA برای نگهداری ثبات ژنومی ضروری است و گیاهان البته اطلاعات لازم برای این هدف را در اختیار دارند. در مقابل، دانش بشر در زمینه تأثیر و مکانیزمهای عوامل صدمه رسان به DNA بسیار محدود است، هر چند که اخیراً حمایت ژنتیکی برای پروتئینهای دخیل در پیام دهی ژنوتوکسیک در گیاه اربیدوپسیس در حال شگل گیری است.

منبع: مجله کشاورزی اینترنتی رویان

مشخصات کلی دوره کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی

۱.تعریف و هدف

دوره کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی حاوی مجموعه ای از علوم و تکنولوژی در زمینه های ژنتیک مولکولی، کشت بافت، میکروبیولوژی، بیوشیمی، اصلاح نباتات، و مهندسی ژنتیک می باشد.

هدف از برگزاری این دوره تربیت متخصصینی است که با یاد گیری علوم و تکنیک های لازم ، بتوانند به امور مربوط به تدریس و تحقیق در زمینه بیوتکنولوژی کشاورزی بپردازند.

۲.طول دوره و شکل نظام

بر اساس آیین نامه آموزشی دوره کارشناسی ارشد مصوب شورای عالی برنامه ریزی، طول دوره کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی به طور متوسط دو سال و حداکثر سه سال میباشد. هر سال تحصیلی شامل دو نیمسال و هر نیمسال ۱۷ هفته کامل آموزشی است. نظام آموزشی این دوره واحدی است و برای هر واحد درس نظری در هر نیمسال ۱۷ ساعت آموزش کلاسیک منظور شده است.

ادامه نوشته

ماشین دوخت DNA

دانشمندان ژاپنی ماشین دوختی (در ابعاد میکرو) برای دوختن رشته­های بلند DNA ساختند؛ که در واقع، روشی است منحصر به فرد برای دست ورزی رشته های ظریف DNA بدون آنکه شکسته شوند.

اهمّیت موضوع زمانی معلوم میگردد که بدانیم، تشخیص بیماریهای ژنتیکی همچون سندروم داون با استفاده از نشانگرهای ژنی (Probe) صورت میگیرد که فقط به رشته­های به شدّت مشابه متّصل میشوند. پس از اتّصال، محلّ قرارگیری نشانگر بواسطه فلورسانس معلوم میگردد و این امر به تشخیص مشکل ژنتیکی کمک میکند؛ امّا، از آنجا که رشته­ها به شدّت پیچ و تاب میخورند، دتکت (Detect) نشانگرها، معمولا فرآیند دشوار و زمان­بری میباشد.

در روش جدید، گروه پژوهشگران ژاپنی (از دانشگاههای کیوتو و توکیو) موفّق به تولید و استفاده از قلّاب­های میکرونی­ای گشته­اند که بواسطه بکارگیری آنها میتوان رشته­های DNA را با ظرافت، دقّت و مراقبت خاصّی گرفته و باز کرد. برای کنترل قلّابهای Z شکل از پرتوهای لیزری متمرکز استفاده میشود؛ بدین ترتیب که، با بکاربردن لیزر در محلّ خاص و هدایت قلّاب به آنجا، رشته DNA (که بواسطه شکل قلّاب توان خروج از آن را ندارد) گرفته میشود ، لیزر به محلّ جدیدی تابیده میشود و قلّاب به سمت محلّ جدید شروع به حرکت مینماید. 

به گفته مسئول پروژه، ” زمانی که با استفاده از قلّاب­ها و دوک­های میکرونی رشته­های DNA را دست­ورزی مینمایید، امکان تعیین محلّ ژن، به سادگی و با قدرت تفکیک فضایی (Spatial Resolution) به نسبت بالایی، میسّر میگردد. دلیل ساخت و استفاده از دوک نیز مشابه با بکارگیری آن در ماشین­های دوخت معمولی میباشد؛ جلوگیری از سردرگمی کلاف.“

راهكارهاي بيوتكنولوژي در افزايش كارآيي گياهان دارويي

این مطلب بخش هایی از یک مقاله است که در نشریه ژنتیک نوین به چاپ رسیده است

گياهان دارويي از هزاران سال پيش به عنوان يكي از مهمترين منابع دارويي كاربرد داشته اند. دردوران جديد فناوري زيستي با استفاده از راهكارهايي نظير كشت سلول ها، اندام ها و بافت ها،مهندسي ژنتيك و كاربرد نشانگرهاي مولكولي قادر است كارآيي و بهره وري گياهان دارويي را به عنوان منابع تجديدپذير جهت توليد دارو افزايش دهد. كشت سلول، بافت ها و اندام هاي گياهي امكان تكثير سريع و انبوه بسياري از گياهان دارويي مهم را فراهم نموده است. گياهان تكثير شده عاري از بيماري و از لحاظ ژنتيكي و كيفي يكنواخت مي باشند. in vitro از طريق كشت هاي نگهداري كشت سلول يا بافت گياهي به روش انجماد در نيتروژن مايع، يك روش مناسب جهت  حفظ گياهان دارويي در معرض انقراض مي باشد. طي سالهاي اخير كشت سوسپانسيون سلولي و اندام (ساقه و ريشه مويين) جهت توليد متابوليت هاي ثانويه و مطالعة مسير بيوسنتز متابوليت ها وافزايش بيان ژن مورد توجه قرار گرفته است.در اين رابطه كشت سلولي طيف وسيعي از گياهان دارويي بررسي شده است و تركيبات مهمي نظير: فلاونوئيد ها، تان نها، آلكالوئيدها و ترپنوئيدها ازاين طريق توليد شده اند. تركيبات محيط كشت، ريزنمونه، شرايط فيزيكي، افزودن پيش سازها،استفاده از القاگرهاي زنده و غير زنده، افزايش نفوذپذيري سلول، دور كردن محصول از محل توليد، بي تحرك نمودن سلولهاي گياهي و انتخاب سلولهاي با كارآيي بالا، از مهمترين فاكتورهاي موثر در افزايش توليد متابوليت ثانويه در كشت سلولي مي باشند. از طرفي مهندسي ژنتيك گياهي نقش چشمگيري در زمينه شناسايي و دستكاري ژنتيكي آنزيم هاي دخيل در مسير متابوليكي بيوسنتز متابوليت هاي ثانويه ايفا نموده است. انتقال ژن يك ابزار قوي جهت افزايش بازدهي و توليدمتابوليتهاي ثانويه اي است كه محدوديت بازدهي دارند. نشانگرهاي مولكولي به دليل عدم وابستگي به سن، شرايط فيزيولوژيكي و محيطي گياه، ابزاري قدرتمند جهت شناسايي دقيق گونه هاي مهم دارويي، بررسي تنوع ژنتيكي، طبقه بندي ذخائر توارثي و تعيين نقشه ژنتيكي آنها مي باشند. اين مقاله مروري است بر راهكارهاي مختلف فناوري زيستي كه در افزايش بهره وري گياهان دارويي و توليد داروهاي گياهي با كيفيت مطلو بتر موثر مي باشد

ادامه نوشته

تفاوت های رشته اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی کشاورزی

سلام

با توجه به درخواست بسیاری از دوستان و عزیزان در مورد تفاوتهای رشته بیوتکنولوژی و اصلاح نبات امروز مطالبی را در این خصوص خواهم نوشت.(در اینجا نویسنده نیازی به تعریف و توضیح مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی نمی بیند و فقط بر روی تفاوتهای دو رشته تمرکز دارد).

رشته اصلاح نبات و بیوتکنولوژی از گرایشهای رشته کشاورزی در مقطع فوق لیسانس هستند که در مقاطعی با یکدیگر شباهت و در جای دیگر تفاوتهای زیادی دارند. شباهتهای این دو رشته قبل از آزمون ورودی به دانشگاه در دو درس ژنتیک و اصلاح نباتات و تفاوتهای آن در بیوشیمی، فیزیولوژی گیاهی، آمار و طرح آزمایشات کشاورزی است.بطوریکه بیوشیمی ،فیزیولوژی گیاهی و آفات و بیماری های گیاهی مخصوص داوطلبان بیوتکنولوژی و آمار و طرح آزمایشات کشاورزی مربوط به داوطلبان اصلاح است.

 چارت دروس فوق لیسانس اصلاح و بیوتکنولوژی باز هم در انواع ژنتیکها و روشهای اصلاحی گیاهان مشترک ولی در بقیه موارد متفاوت است. با توجه به سنگینی دروس مربوط به بیوتکنولوژی بسیاری از داوطلبان این پرسش را در ذهن خود دارند که آیا با تحصیل در رشته اصلاح نبات می توانند در گرایش مهندسی ژنتیک فعالیت کنند و باصطلاح مهندس ژنتیک شوند؟ در جواب باید بگویم که بله ، در مراحل پایانی تحصیل در این رشته شما می توانید انواع گرایشها (بیومتری ، بیوتکنولوژی گیاهی و..) را انتخاب و پایان نامه خود را در آن رشته ارائه دهید. اما تفاوت اصلی در اینست که در بیوتکنولوژی کشاورزی شما فراتر از رشته کشاورزی پیش می روید و همانطور که بسیاری از واحدهای شیمی و بیوشیمی را پشت سر گذاشته اید مهندسی ژنتیک شما میتواند  بغیر ازکشاورزی ،عمومی و یا پزشکی باشد. در صورتیکه دایره محدودیتهای  اصلاح بسیار گسترده بوده و پا را از رشته های گیاهی نمیتوان فراتر گذاشت. به همین منظور است که با داشتن مدرک کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی میتوان ۳ ساله دکترای عمومی داروسازی را نیز اخذ کرد. بعلاوه ریز ازدیادی و کشت بافت بیوتکنولوژی کاربرد بسیار زیادی در ساخت داروها  و یا کشت انواع باکتریهای مفید و قابل کاربرد در داروسازی است. همچنین فارغ التحصیل های رشته بیوتکنولوژی می توانند در کارخانه های داروسازی مشغول به کار شوند.

از تفاوتهای دیگر میتوان به این اشاره کرد که یک متخصص اصلاح نبات میتواند در مزرعه فعالیت داشته باشد ، طرح آزمایشات کشاورزی و سیستمهای نوین آماری را در اصلاح و بهبود ارقام زراعی استفاده و ارقام را تجزیه و تحلیل کند و این تنها مخصوص دانش آموختگان اصلاح نبات است .به علاوه فرد به گر نبات باید از زراعت و همچنین ساختمان و مورفولوژی واریته آگاهی کامل داشته باشد تا در صورت نیاز برای تولید هیبرید گیاه را اخته کرده و به سیستم آمیزشی گیاه نیز مسلط باشد.

( برگرفته از:احسان صیامی http://iran-biotech.blogfa.com )

جو ترانس ژنیک در تحقیقات بنیادین

 سلام این مطلب بخشهایی از یک مقاله است 

جو ترانس ژنیک در تحقیقات بنیادین

چکیده

چنین بیان می شودکه جو مدل تحقیقاتی مفیدی برای گونه های دانه ریز و نیزیکی از محصولات مهم کشاورزی برای تغذیه و تولید غذااست. در سالهای اخیر ,میزان قابل توجه ای از ژنتیک های مختلف جو در سراسر جهان تولید و جمع آوری شده است.همراه با این ابتکارات ,توسعه فناوری های تراریختی معتبر, واریته های نزدیک به ژن های در حال آنالیز و لینه های ژنتیکی در حال تولید توسط مهندسی ژنتیک را تحریک کرده است.جزيیات مراحل مختلف تکنیک انتقال ژن  یک بنیاد مرکزی فناوری انتقال ژن قدرتمند دارد.در روش های معاصر , اگروباکتری ها در استخراج طبیعی به کار گرفته می شوند و وسایل ساخته شده برای بهینه سازی ,DNA را با ژنوم جو اختلاط می کنند.علاوه بر این سه گونه ضروری نشانگرهای بازیابی شده برای استحکام انتقال DNA بر پایه اگرو باکتری ها به خصوص در جو مفید است,که دارای مزیت های ویژه ای نیز است.در حالیکه استفاده از تخم جنین های نابالغ نتیجه اش در بالاترین میزان کیفیت ساختاری گیاهان ترانس ژنیک,و ...کشت دانه گرده در آزمایشگاه سرعت تولید بالای لینه های ترانس ژنیک تولید شده ,و مجزا کردن تخمک های مناسب برای تولید گیاهان ترانس ژنیک بدون استفاده از نشانگرهای قابل انتخاب است .به شکل قابل توجهی دو سیستم اخیر در مدت معین در جو قابل دسترس تر هستند.در این مقاله,مرور متداولی بر روی جو تراریخت روی فناوری های حاضر ,شامل اطلاعات سیستم های وکتور ,روشهای انتقال ژن و هد ف ها,کد گذاری انتقال ها ورشته های DNA تنظیمی و نیز روش های تولید جو بدون نیاز به داشتن صفات جدید در ژنوم موجود است.

به ادامه مطلب رجوع شود ................................................................................................................

ادامه نوشته

مقدمه ای بر بیوانفورماتیک

مقدمه ای بر بیوانفورماتیک

در ادامه مطلب خلاصه ای از مقدمه و یکی از بخشهای کتاب Bioinformatics A Practical Guide to The Analysis of Gens and Protein آورده شده است...

ادامه نوشته

بیوتکنولوژِی کشاورزی چیست؟

قریب ۱۰۰۰۰ سال کشاورزان حیوانات وگیاهان وحشی را از طریق انتخاب و اصلاح ویژگیهای مورد نظر ارتقاو توسعه داده اند.این اصلاح به گیاهان وحیوانات اهلی وخانگی منتج شده است که عموما در محصولات کشاورزی وچهارپایان به کار برده می شد.در قرن بیستم همانند ویژگیها وخصوصیات منتخب اصلاح کنندگان برای افزایش محصول ومقاومت آنها به بیماری وآفت وخشکی وبهبود طعم ومزه آنها هم پیچیده تر شد.این خصوصیات که از طریق ژن از یک نسل به نسل دیگر انتقال می یابد از DNA ساخته شده اند.همه مواد موجود شامل میوجات ـسبزی جات وگوشتی که ما می خوریمحاوی ژن هایی هستند که چگونگی عملکرد را به سلول ارایه می دهند.اخیرا دانشمندان به این علم دست یافته اند تا شناسایی وکار با ژن های DNA در بردارنده این خصوصیات را آغاز نمایند.
-بیوتکنولوژی کشاورزی چیست؟
............................................................................ به ادامه مطالب رجوع کنید

ادامه نوشته